一般食品廠潔凈車間可大致分為三個區域：一般作業區、準清潔區、清潔作業區。

1、一般作業區（非清潔區）：一般的質料、制品、工具貯存區域，包裝制品轉運區域等質料、制品暴露危險較低的區域，如外包裝室、原輔料倉庫、包裝材料倉庫、外包裝車間、制品倉庫等。

2、準清潔區：要求次之，如質料處理、包材處理、包裝、緩沖間（拆包間）、一般出產加工間、非即食食物的內包裝間等制品處理但不直接暴露的區域。

3、清潔作業區: 指衛生環境要求高，人員、環境要求較高，經過消毒和更衣才能夠進入，如：質料、制品暴露的處理區域，食食物的冷加工間、即食食物的冷卻間、待包裝即食食物的貯存間、即食食物的內包裝間等。

建有潔凈車間的食物工廠在選址、設計、布局、建造和改造時應避免污染源、交叉污染、混料和差錯的產生。廠區環境整齊和物流走向合理。應有恰當門禁辦法，避免未經批準人員的進入。保存建造和施工的竣工材料，出產過程中產生空氣污染較為嚴重的修建，應建造在廠區終年風向的劣勢側。彼此有影響的出產工藝，不宜設在同一修建物內時，各自出產區域之間應有有用的隔斷辦法。出產發酵產品應具有專用發酵車間。